Монастырь Сакья был построен в 1073 году Кончогом Гьялпо – монахом из влиятельного и знатного рода Кхан. Уникальной особенностью региона, где расположен одноименный город, отсюда и название города и монастыря. Монастырь является главным и первым монастырем школы тибетского буддизма Сакья.

Древний род Кхон был знаменит тем, что один из его предков был первым из семи тибетцев, принявших посвящение в буддийские монахи. Этих первых монахов называли Семь Мужей Испытания или Семеро избранных. Позже, основавший монастырь потомок одного из ?семи избранных? Кончог Гьялпо стал первым Сакья Тризином, то есть главным настоятелем монастыря.Настоятели монастыря руководили Тибетом под патронажем монгольской династии Юань, правившей тогда в Тибете, вплоть до 13го века.

Монахи монастыря славились не только ученостью, но и, в первую очередь, своей политической деятельностью и довольно успешными попытками объединить Тибет в единое теократическое государство. Благодаря своим тесным контактам с правителями династии Юань в Китае, настоятелям это практически удалось. В 1251 году одному из племянников известного ученого и настоятеля монастыря Сакья Пандиты удалось стать сначала Сакья Тризином монастыря, а потом при поддержке монголов – правителем всего Тибета. В этом огромном зале находится великая библиотека с ценнейшими древними томами. Книги писаны золотыми чернилами, украшены иллюстрациями и облачены в металл. Большинство из свитков – буддийские, но могут обнаружиться и работы по литературе, истории, астрономии, математике и искусству. Считается, что библиотека оставалась нетронутой сотни лет.